生物信息與數據處理

內容概要

本書包括3方面的內容：(1)以互聯網為基礎的生物資源檢索，主要講述因特網資源類型、因特網資源的查找方式，并簡要介紹因特網中一些重要的生物學站點，此外還重點介紹了與生物相關的網絡文獻數據庫的使用方法，以及通過相關文獻管理軟件構建自己的數據庫的方法；(2)互聯網中生物數據庫，包括常用的核酸蛋白質數據庫、基因組數據庫，同時重點介紹了以文本為搜索依據的數據庫檢索方式和以序列相似性為基礎的數據庫搜索方法； (3)實驗設計的基本原則、統(tǒng)計的基本方法以及生物統(tǒng)計作圖軟件的使用方法。書中設計了9個上機實驗，便于學生通過實際操作掌握生物文獻檢索、互聯網生物資源搜索以及生物統(tǒng)計軟件的使用方法。    本書的目的在于通過對計算機和互聯網相關知識的介紹，使學生掌握互聯網生物資源獲取及分析方法，以增強學生自主學習能力，拓寬學生知識領域，為今后科研實踐打好基礎。本書作為講義已經過5輪教學實踐，具有系統(tǒng)性強、技術方法新、內容豐富、結構緊湊、實用性強等特點，適合于生物科學、生物技術及相關專業(yè)的本科生和研究生使用，也可供研究人員參考。

書籍目錄

第1章 緒論  1.1 計算機在生命科學領域的應用  1.2 學習本課程的目的與意義  1.3 學習本課程的基本方法第2章 因特網與網上生物學資源  2.1 因特網概述  2.2 因特網的相關概念、提供的服務類型和軟件  2.3 網上生物學信息資源分類  2.4 計算機檢索原理  2.5 計算機檢索基本原理  2.6 生物文獻檢索途徑第3章 搜索引擎與生物學資源導航站點  3.1 Internet上WWW生物資源的查詢途徑  3.2 搜索引擎的查詢方法  3.3 非WWW生物資源檢索途徑  3.4 因特網涉及生物學習的資源介紹  3.5 引用Internet資源的注意事項 第4章 因特網上的生物學文獻數據庫  4.1 文獻搜索引擎  4.2 生物相關文摘型數據庫  4.3 全文數據庫介紹  4.4 會議論文數據庫  4.5 學位論文數據庫  4.6 專利數據庫  4.7 標準數據庫  4.8 獲取原文的方法總結第5章 特定文獻數據庫的構建  5.1 文獻管理軟件的共同特點  5.2 Reference Manager軟件的使用  5.3 國產文獻管理軟件——醫(yī)學文獻王簡介第6章 文獻閱讀與綜述撰寫  6.1 文獻閱讀的意義和方法   6.2 科技綜述的寫作第7章 常用核酸蛋白質數據庫介紹  7.1 常用核酸和蛋白質數據庫及文件格式  7.2 其他注釋序列數據庫  7.3 基因組和特殊物種數據庫  7.4 其他數據庫第8章 生物數據庫檢索  8.1 利用SRS(序列檢索系統(tǒng))搜索數據庫   8.2 利用Entrez進行數據庫搜索  8.3 DBGET/LinkDB第9章 以序列相似性為準則的數據庫搜索  9.1 序列相似性搜索  9.2 氨基酸取代矩陣  9.3 數據庫搜索：FASTA和BLAST  9.4 序列過濾  9.5 反復數據庫搜索和PSl—BLAST第10章 PRISM統(tǒng)計分析軟件的使用  10.1 常用統(tǒng)計軟件介紹  10.2 GraptlPad Prism使用介紹上機實驗  實驗1 常用搜索引擎及專業(yè)搜索引擎的使用  實驗2 PLlbMed的使用  實驗3 常用文獻數據庫及專業(yè)數據庫檢索  實驗4 利用文獻管理軟件構建文獻數據庫  實驗5 常用分子生物學數據庫檢索  實驗6 利用Erltrez、SRS工具檢索相關核酸蛋白數據庫  實驗7 利用Blast進行數據庫相似性搜索  實驗8 利用Grapt-iPad Prism 4進行統(tǒng)計分析及作圖  實驗9 依給定題目進行文獻檢索并完成文獻綜述的寫作

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