基于WWW的生物信息學(xué)應(yīng)用指南

出版時(shí)間:2004-4  出版社:中南大學(xué)出版社  作者:李桂源,錢駿 編  頁(yè)數(shù):325  

內(nèi)容概要

  在當(dāng)今的信息時(shí)代,失去信息的利用,等于失去許多重要的一切?!痘赪WW的生物信息學(xué)應(yīng)用指南》則是教會(huì)從事生物、醫(yī)學(xué)等生命科學(xué)的人們?nèi)绾卫脟?guó)際互聯(lián)網(wǎng)掌握更多、更前衛(wèi)的生物信息。環(huán)球網(wǎng)(WWW)是當(dāng)前國(guó)際互聯(lián)網(wǎng)中重要的信息網(wǎng),它涵蓋核苷酸和蛋白質(zhì)序列查詢、遞交、基因的計(jì)算機(jī)克隆、序列相似性搜索,蛋白質(zhì)基序和結(jié)構(gòu)域識(shí)別、進(jìn)化樹構(gòu)建、蛋白三維同源模型構(gòu)建以及基因數(shù)字化差異表達(dá)分析等主流生物信息學(xué)的應(yīng)用,以上內(nèi)容在本書中均作了詳細(xì)闡述。同時(shí),《基于WWW的生物信息學(xué)應(yīng)用指南》最大的特色是結(jié)合了中南大學(xué)腫瘤研究所以及腫瘤基因組研究中心精心設(shè)計(jì)了多達(dá)43個(gè)具體生物信息學(xué)應(yīng)用練習(xí)題,并按實(shí)例進(jìn)行深入淺出的表達(dá),講解清晰,使讀者能夠直接參考這些練習(xí)來(lái)解決科研中的實(shí)際問(wèn)題,避免不必要的重復(fù)研究,少走彎路,有助于提高我國(guó)生物科學(xué)研究水平。本書很適合從事生物學(xué)、醫(yī)學(xué)、分子生物學(xué)、腫瘤學(xué)、病理生理學(xué)等專業(yè)的科研人員及工作者閱讀參考,也可作為本科、研究生教育教材使用。

書籍目錄

第1章 引論1.1 基因組/蛋白質(zhì)組信息學(xué)1.1.1 基因組信息學(xué)1.1.2 蛋白質(zhì)組信息學(xué)1.2 互聯(lián)網(wǎng)與生物信息學(xué)1.2.1 互聯(lián)網(wǎng)基礎(chǔ)1.2.2 生物信息學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)1.2.3 生物信息學(xué)軟件1.3 生物信息學(xué)門戶網(wǎng)站1.3.1 美國(guó)國(guó)立生物技術(shù)信息中心1.3.2 歐洲生物信息研究所1.3.3 瑞士蛋白質(zhì)分析專家系統(tǒng)1.3.4 北京大學(xué)生物信息中心第2章 序列查詢和遞交2.1 Entrez查詢系統(tǒng)2.1.1 簡(jiǎn)介2.1.2 Entrez系統(tǒng)的基本查詢功能2.1.3 查詢策略2.2 LocusLink查詢系統(tǒng)2.3 SRS查詢系統(tǒng)2.4 序列信息遞交第3章 序列相似性搜索3.1 概述3.1.1 序列相似性與同源性3.1.2 全局和局部序列比對(duì)3.1.3 比對(duì)分?jǐn)?shù)矩陣和空位罰分3.1.4 比對(duì)算法3.1.5 比對(duì)分?jǐn)?shù)的統(tǒng)計(jì)學(xué)評(píng)價(jià)3.2 序列相似性搜索3.2.1 BLAST3.2.2 Fasta第4章 基因識(shí)別4.1 基因組外顯子預(yù)測(cè)4.1.1 從頭預(yù)測(cè)4.1.2 相似性比較預(yù)測(cè)4.2 基于EST的基因鑒定第5章 多序列比對(duì)5.1 ClustaIW5.2 BOXSHADE第6章 蛋白質(zhì)基序和結(jié)構(gòu)域識(shí)別6.1 PROSITE patterns和PROSITE profile6.2 Pfam和Prodom6.3 SMART6.4 Blocks和PRINTS6.5 InterPro第7章 進(jìn)化樹構(gòu)建7.1 PHYLIP軟件包7.2 ClustaIW程序第8章 蛋白三維同源模型構(gòu)建第9章 基因數(shù)字化差異表達(dá)分析第10章 核苷酸序列的一般分析10.1 序列格式轉(zhuǎn)換10.2 互補(bǔ)和反向序列的轉(zhuǎn)換10.3 核苷酸序列統(tǒng)計(jì)10.4 序列注釋10.5 序列翻譯與ORF預(yù)測(cè)10.5.1 EBI的Transeq10.5.2 ExPASy的Translatetool10.5.3 0RF識(shí)別10.6 限制性酶切分析10.7 質(zhì)粒作圖10.8 引物設(shè)計(jì)10.8.1 通用引物在線設(shè)計(jì)程序Primer310.8.2 簡(jiǎn)并引物在線設(shè)計(jì)程序GeneFisher第11章 蛋白序列的其他特征分析11.1 氨基酸基本理化特性分析11.2 蛋白的亞細(xì)胞定位11.3 膜蛋白跨膜區(qū)預(yù)測(cè)11.4 蛋白序列二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)11.4.1 JPred預(yù)測(cè)服務(wù)器11.4.2 PredictProtein預(yù)測(cè)服務(wù)器第12章 整合的序列分析第13間 蛋白質(zhì)組信息學(xué)

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